納豆菌の菌体そのものにも整腸作用が認められています。
納豆1グラム中には10億個以上の納豆菌が生きています。納豆は1パック50g前後ですから、1回の食事で50億個の納豆菌を体内に取り込めることになります。

宿主の腸内環境のバランスを改善することにより、宿主によい作用をもたらす生きた微生物と、それらを含む食品をプロバイオティクスといいますが、納豆菌やそれを含む食品である納豆も優れたプロバイオティクスである可能性があります。

私たちの腸内には様々な微生物が定着し、複雑な集団を形成しています。この集団の様相を腸内菌叢（腸内フローラ）とよび、微生物のうち菌の仲間を腸内菌とよんでいます。
人の腸内では数百種類の腸内菌の存在が知られていますが、納豆菌は、これら腸内菌のバランスを整え、悪玉菌といわれる腐敗菌を抑制する働きをするといわれています。
また、納豆菌はサルモネラ菌や緑膿菌といった病原菌に抑制する働きも期待されています