纳豆原材料是大豆

大豆的品种，除了经过改良后易种植并广泛生产的品种以外，还有称为地方大豆的仅在极少数地区传承下来的品种。普通消费者所熟悉的超市、便利店等流通广泛的是来自加拿大、美国等的大豆。选择并使用适合纳豆的或者说可制造出“美味纳豆”的大豆品种。是否能制造出“美味纳豆”，与大豆皮的厚度、成分含量的细微差别等都有很大关系。

去除大豆的污物、杂物

在收割地先将大豆进行粗略分类后运输、低温储存。然后在纳豆工厂为了制造纳豆，再经分类挑选形状较好的大豆、去除异物等工序，终于转入清洗工序。

用大豆清洗机水洗冲掉表面的附着物，再仔细地去除肉眼看不见的微小异物。大豆在水中经物理研磨再经流动清水的漂洗，将来自土壤的附着物洗掉。

用水浸泡、让大豆充分吸入水分

浸泡是将大豆浸泡在水中使其吸收水分的工序。在大型工厂、重达2～3吨的巨大浸泡槽内，在保持卫生的状态下浸泡约18小时。

浸泡后的大豆会膨胀至其重量的约2倍。吸水程度会因大豆的状态、粒径、季节及水温的不同而变化，因此需要微调浸泡时间。 据多年从事纳豆制造的一位工匠介绍，打碎大豆粒时如果其内部平坦则浸泡适度、有凹陷则浸泡不充分等，可用目视区分。

用压力锅将大豆蒸煮松软

纳豆经常被描述为用“焖煮大豆”或“水煮大豆”制造，实际上是使高压蒸煮罐、或者说类似巨大压力锅之类的容器内充满蒸汽，加压蒸熟。

相比用滚开水煮，这种制法大豆的营养成分流失较少。

大豆的蒸煮工序非常重要，因为它会影响制成纳豆的口感、色泽以及接下来下一工序的纳豆菌发酵，因此需要精心管理。

按照大豆的种类来设定适当的蒸汽压力和时间，一般加压后大约蒸煮1至1.5小时。

向蒸煮大豆喷撒纳豆菌

向蒸熟大豆喷撒纳豆菌。将纯培养的纳豆菌制成雾状，均匀喷撒。纳豆菌是耐热菌，可在大豆刚蒸熟时的温度70～90℃下进行喷撒，其他杂菌即使混入也会立即消亡而无法繁殖。耐热菌纳豆菌的强韧性也在此得以发挥。

将沾满纳豆菌的大豆移至容器

将大豆充填到发酵容器的工序称为“填装”。发酵容器原封不动直接送到消费者手中，包装盒通常使用泡沫塑料、纸杯等几种素材。

与喷撒纳豆菌工序相同，为了防止杂菌混入，在高温状态下进行。但纳豆菌的活性不能缺少氧气，需要良好的通风，因此不可紧密地塞填进容器。而是轻轻填装，留出适当的空隙使纳豆菌充分接触氧气，增加繁殖活性。

纳豆菌分解大豆蛋白质并产生独特的粘性物质及有益于身体的酶类、维生素

将填装容器放在称为“室”的温度管理发酵室内约16～24小时，等待发酵。期间需要保持房间温度约40℃和高的湿度。纳豆菌如果繁殖旺盛，自身会产生称为“发酵热”的热量。发酵热有时会高达50℃。发酵期间将温度计插入样品容器进行机械监测。与此联动微调整“室”内温度。

就这样在“室”内度过16～24个小时，大豆即摇身变成纳豆。

为使纳豆更美味，降低温度使其成熟

从发酵室取出，降低产品温度，停止发酵。

接下来将其移至冷藏室，在5℃以下的环境中放置6～8小时，使纳豆菌完全休眠。

此工序叫做成熟。在成熟过程中，各种成分稳定，从而使美味、粘丝感形成更充分。

包装制造好的纳豆。

完成成熟工序的容器贴上标签进行包装。

一般将泡沫塑料容器3个叠放，再绕贴标签纸。

至此终于作为完整商品，出厂发货给顾客。