大豆在纳豆菌的作用下，经过“发酵”这个闪亮工序、摇身变成纳豆。发酵的主角/纳豆菌是称为枯草芽孢杆菌的微生物之一。细菌、真菌、原生动物、藻类等形状及性质各异的肉眼看不见的小生物/微生物，据说地球上大约有300万种。※《发酵基础》（馆博监修 诚文堂新光社）

枯草芽孢杆菌是属于细菌的微生物，其中产生类似纳豆香气和粘性拉丝的亚种称为纳豆菌。

枯草芽孢杆菌本身是土壤及空气中都存在的细菌，在生态系统中起着分解动物和植物返回土壤及空气的作用。

学名
枯草芽孢杆菌：Bacillus subtilis
纳豆菌：Bacillus subtilis var. natto

“分解”是酿造纳豆的关键词。
纳豆菌用自身产生、分泌的酶分解大豆的蛋白质及糖质等，并随之繁殖增加。作为分解时的副产物产生维生素类、香料、粘丝等，此外，还将大豆成分转化为更易消化吸收的形状。

这一系列的作用，纳豆菌是作为自己的生命活动进行的，我们称之为“发酵”，对有此享受我们应当表示深深地感谢。